Die Erde im Jahr 2058.
Archielogen finden in Afrika außerirdische Artefakte die beweisen, dass die Menschheit von einer fortgeschrittenen außerirdischen Rasse (Space Jockies) geschaffen wurde. Diese außerirdischen Götter machten mit Hilfe von Terraforming die Erde für ihre menschliche Schöpfung bewohnbar. Neben den Funden entdeckt man auch die Koordinaten der Heimatwelt dieser außerirdischen Götter, dem Paradies. Monate später startet die Weyland Corp das Raumschiff Prometheus zu den Koordinaten um den ersten Kontakt herzustellen. Mit Hilfe der Möglichkeit per Lichtgeschwindigkeit zu reisen, dauert die Reise zum Zeta Riticuli-System nur wenige Jahre. Die Menschen werden von ihren Schöpfen begrüßt, dann weiter durch den Raum zu einer erschreckenden aber auch gleichzeitig faszinierend Welt transportiert. Diese Wesen sind auf ihre "Kinder", deren erste Schöpfung, stolz da sie diese Ebene der Intelligenz erreicht haben.
Die Menschen erhalten als eine Belohnung Teile der bio - basierten Technologie der Außerirdischen. Doch ein Mitglied der Crew will sich damit nicht begnügen. Er stiehlt den "Bio-Source-Code" für das Terraforming um die "Macht zu haben, damit es die Menschen Göttern gleich tun können". Diese Wesen können Wissenschaftler, aber auch Eroberer und Zerstörer von Welten sein. Sie akzeptieren die Menschen nicht als gleichwertig. Auf ihrer Flucht vor den Menschen entfesseln die Außerirdischen ihre Lieblings-Bio-Waffe. Eine Kreatur die dazu verwendet wird vor der Kolonialisierung "aufzuräumen". Doch die Waffe wendet sich gegen ihre Schöpfer und findet Gefallend daran diese Wesen zu verspeisen. Diese Kreaturen bedeuten den Untergang des Paradieses. Der Crew der Prometheus gelingt es von dem verdammten Planeten zu entkommen.
Einer dieser außerirdischen Götter hat in einem sehr vertrauten Schiff überlebt und ist auf dem Weg zu einer ultimativen Mission.
Den Zorn der Götter zur Erde zu bringen.